Як стало відомо, Google переходить з Tomcat на більш легкий Jetty для свого cloud рішення App Engine.
Tomcat та Jetty є сервлет контейнерами які відповідають відповідним Java специфікаціям. Tomcat є більш «важчим», Jetty є більш «легшим».
Основні причини:
1) Менші потреби памяті
2) Більша архітектурна гнучкість (можна легше міняти частини контейнера)
3) Ширше впровадження як вбудований сервер до фреймворків

Ось так. Працював з обома контейнерами, не можу сказати нічого поганого ні про один з них. Google просто вибрала що краще підходить до даного випадку.