Вони приблизно однакові по функціоналу.
Це один з тих випадків, коли люди вибирають по особистим вподобанням.
Ось що пан Соловйов думає (один з контрибуторів Mercurial доречі):
Вони з якоїсь невідомої причини спробували першим hg, а потім ліньки вчити git було. Ось і все.
Я, до речі, навпаки git використовую, а hg не пробував.
igorshubovych