Так виглядає що багато розробників які працюють на проектах де є Flex та Java надають перевагу розробляти Flex в Flex Builder 3 (скоро буде 4...), а Java в Eclipse. Причому той самий проект.
Вирішив трішки розібратись в питанні. Швидкий пошук дав хорошу статтю з малюнками де показано як подружити Flex Builder 3 з WTP. Тобто в Flex Builder 3 ви будете розробляти Java проект який розгортаєтсья наприклад на Tomcat і в той самий час будете мати можливість розробки Flex.